Hòa ước Nhâm Tuất có 12 khoản, trừ các điều khoản có tính cách ngoại giao, thì 9 khoản sau đây được coi là quan trọng hơn cả:

• Khoản 1: Từ nay về sau, hòa bình sẽ mãi mãi được thiết lập giữa một bên là Hoàng đế Pháp và Nữ hoàng Tây Ban Nha và một bên là Hoàng đế Đại Nam. Tình hữu nghị toàn diện và lâu bền cũng sẽ được thiết lập giữa thần dân ba nước dù họ ở bất cứ nơi đâu.
• Khoản 2: Thần dân hai nước Pháp và Tây Ban Nha được hành đạo Gia Tô ở nước Đại Nam, và bất luận người nước Đại Nam ai muốn theo đạo Gia Tô, đều sẽ được tự do theo, nhưng những người không muốn theo đạo Gia Tô thì không được ép họ theo.
• Khoản 3: Chủ quyền trọn ba tỉnh là Biên Hòa, tỉnh Gia Định và tỉnh Định Tường, cũng như đảo Côn Lôn, do hiệp ước này, được hoàn toàn nhượng cho hoàng đế nước Pháp. Ngoài ra, các thương gia Pháp được tự do buôn bán và đi lại bằng bất cứ tàu bè nào trên sông lớn của xứ Cam Bốt và trên tất cả các chi lưu của con sông này[8]; các tàu binh Pháp được phép đi xem xét trên con sông này hay trên các chi lưu của nó cũng được tự do như vậy.
• Khoản 4: Sau khi đã nghị hòa, nếu có nước ngoài nào muốn, bằng cách gây sự hoặc bằng một hiệp ước giành lấy một phần lãnh thổ của nước Đại Nam, thì hoàng đế nước Đại Nam sẽ báo cho hoàng đế nước Pháp biết bằng một sứ thần,.. để hoàng đế nước Pháp được hoàn toàn tự do đến tiếp cứu nước Đại Nam hay không. Nhưng, nếu trong hiệp ước với nước ngoài nói trên, có vấn đề nhượng địa, thì sự nhượng địa này có thể được thừa nhận nếu có sự ưng thuận của hoàng đế nước Pháp.
• Khoản 5: Người các nước Pháp và Tây Ban Nha được tự do buôn bán tại ba hải cảng là Tourane (Đà Nẵng), Ba La (Ba Lạt)[9] và Quảng Yên[10]. Người nước Đại Nam cũng được tự do buôn bán tại các hải cảng của nước Pháp và Tây Ban Nha như vậy, nhưng phải theo thể thức luật định...
• Khoản 8: Hoàng đế nước Đại Nam sẽ phải bồi thường một số tiền là bốn triệu piastre, trả trong 10 năm. Vì nước Đại Nam không có tiền piastre sẽ được tính bằng 72% lạng bạc.
• Khoản 9: Nếu có cướp bóc, giặc biển hoặc kẻ gây rối người nước Nam nào, phạm tội cướp bóc hoặc gây rối trên các đất thuộc Pháp, hoặc nếu có người Âu Châu phạm tội nào đó, lẩn trốn trên đất thuộc nước Nam thì ngay khi nhà nước Pháp thông tri cho nhà chức trách Đại Nam, giới chức này phải cố gắng bắt giữ thủ phạm để giao nộp cho nhà chức trách Pháp. Vấn đề cướp bóc, giặc biển hay quân phiến động nước Nam sau khi phạm tội, lẩn trốn trên đất thuộc Pháp, cũng sẽ được xử như vậy.
• Khoản 10: Dân chúng ba tỉnh là Vĩnh Long, An Giang và Hà Tiên sẽ được tự do buôn bán trong ba tỉnh thuộc Pháp miễn tuân theo luật lệ hiện hành, nhưng những đoàn tàu chở binh lính, vũ khí, đạn dược hay lương thực giữa ba tỉnh nói trên và Nam Kỳ chỉ được thực hiện bằng đường biển. Tuy nhiên, hoàng đế nước Pháp thuận cho các đoàn tàu chở các thứ trên vào Cam Bốt được có cửa khẩu là lạch Mỹ Tho (Định Tường), gọi là Cửa Tiền, song với điều kiện là các giới chức Đại Nam phải báo trước cho đại diện của hoàng đế nước Pháp, vị đại diện này sẽ trao cho họ một giấy thông hành. Nếu thể thức này không được tuân theo, và một đoàn vận tải như vậy nhập nội mà không có giấy phép thì đoàn đó và những gì hợp thành đoàn đó sẽ bị bắt giữ và các đồ vật sẽ bị phá hủy.
• Khoản 11: Thành Vĩnh Long sẽ được binh lính (Pháp) canh gác cho đến khi có lệnh mới mà không ngăn cản bằng bất cứ cách nào hoạt động của các quan Đại Nam. Thành này sẽ được trao trả cho hoàng đế nước Đại Nam ngay khi Ngài đình chỉ cuộc chiến loạn do lệnh Ngài tại các tỉnh Gia Định và Định Tường, và khi những người cầm đầu cuộc phiến loạn này ra đi và xứ sở được yên tĩnh và quy phục như trong một xứ bình yên[11].